Старинная легенда гласит, что в этих местах первопроходцы из отряда Ивана Москвитина увидели тыксама дю — чум, покрытый берестой. В нем жила старая эвенкийка Нелька, гостеприимно встретившая путников. Может быть, именно она и привела к москвитинцам проводников, которые вывели их к устью реки Мая короткой дорогой через Джугджур.
В 40-х годах XVII века на реке Мая построили три русских зимовья — Среднемайское, Верхнемайское и Майское, которые подчинялись Алданскому воеводству. В 1671 году все три были объединены в одно — Майское, которое находилось на месте современного Нелькана.
Название «Нелькан» имеет эвенкийские корни — «нель» означает стрелка или место от слияния двух рек. Так и есть на самом деле: село расположено возле устья реки Чуя, впадающей в реку Мая. Суффикс «канн» означает, «тот, кто здесь живет», то есть принадлежность к данной местности.
— Много лет Нелькан был одной из станций торгового Амгино-Аянского тракта, который в конце 19 века стал частью «чайного пути». По дороге через село перевозили чай из Китая в Якутию и Сибирь, — рассказал Михаил Дегтярев, губернатор Хабаровского края. — Здесь в свое время бывали генерал-губернатор Восточной Сибири Николай Муравьев-Амурский, а также адмирал Геннадий Невельской. Во время Гражданской войны Нелькан был пристанищем последнего белогвардейского генерала Пепеляева. Поздравляю жителей Нелькана с юбилеем села и желаю процветания!
Напомним, что село Нелькан второй по значимости и численности населения пункт захребтовой части Аяно-Майского района с населением 806 человек.