Защитник начал заниматься футболом в городе Ипатово Ставропольского края, затем перешёл в ставропольское «Динамо». В 2007 году юного футболиста приметили селекционеры «Спартака» и пригласили в Москву.
Как сообщает пресс-служба «СКА-Хабаровска», с 2010 года воспитанник спартаковской академии начал выступать за молодёжную команду «красно-белых», а в сезоне 2013-2014 Иван Хомуха впервые вышел на поле в составе второй команды. За неё и «молодёжку» москвичей он провёл 126 матчей.
Иван Хомуха не первый новичок «СКА-Хабаровска». Transsibinfo.com писало, что недавно «СКА-Хабаровск» пописал соглашения с вратарём питерского «Динамо» Егором Генераловым, полузащитником Ираклием Квеквескири, а также с защитниками Максимом Ненаховым и Николаем Фадеевым. Также к «армейцам» вернулись ранее выступавшие за него полузащитник Денис Дедечко и нападающий Константин Базелюк. Соглашения с ними рассчитаны на один год.